يتأهل صاحب المركز الأول في كل مجموعة من المجموعات الثماني في الدور الثاني، إلى جانب أفضل أربعة منتخبات تحصل على المركز الثاني، إلى الدور الثالث والأخير من تصفيات كأس العالم، كما تحصل هذه المنتخبات الـ12 على بطاقات التأهل المباشر إلى كأس آسيا. وتقام كأس العالم المقبلة في روسيا عام 2018، وكأس آسيا في الإمارات عام 2019. وتخوض المنتخبات الـ12 المتأهلة غمار الدور النهائي من تصفيات كأس العالم بدءاً من سبتمبر المقبل، حيث ستتنافس على أربعة مقاعد مباشرة إلى مونديال روسيا.
ويحق لقارة آسيا أيضاً بنصف مقعد إضافي، يخوض صاحبه ملحقاً ضد أحد فرق منطقة الكونكاكاف.
أما المنتخبات الـ24 المتبقية في ختام الدور الثاني، فتشارك في تصفيات نهائية خاصة بكأس آسيا على 11 مقعداً في البطولة القارية، في حين ستكون البطاقة الأخيرة من نصيب الدولة المضيفة، حيث تشهد كأس آسيا 2019 مشاركة 24 منتخباً. وسيتم في نهاية الدور الثاني، شطب نقاط المنتخبات أصحاب المراكز الثانية ضد المنتخبات متذيلة الترتيب في المجموعات الأخرى (التي تضم خمسة منتخبات)، لخلق التوازن مع ترتيب المجموعة السادسة التي تضم أربعة منتخبات فقط، بعد استبعاد اندونيسيا من المشاركة بسبب تدخلات سياسية في شؤون اتحاد كرة القدم، كما أن الفيفا أوقف الكويت أيضاً التي تلعب في المجموعة السابعة.