حرمت الاصابة ليونيل من التواجد مع برشلونة في المباراة النهائية لدوري ابطال اوروبا عام 2006 امام ارسنال الانجليزي والتي فاز بها الفريق الكاتالوني بهدفين مقابل هدف، كما غاب بعد 6 اشهرعن نهائي كأس العالم للأندية في اليابان والذي خسره الفريق بهدف أمام انترناسيونال البرازيلي. وخاض ميسي مع الفريق مباراة الكأس السوبر الاوروبية أمام أشبيلية لكنه خسر المباراة (3-صفر).
وقبل ايام من اللقاء امام مانشستر، رفض ميسي عرضا من مانشستر سيتي الانجليزي بدفع الشرط الجزائي في العقد الموقع مع برشلونة وقيمته 150 مليون يورو، واجرا سنويا للاعب يصل الى 10 ملايين يورو.