تراجع المنتخب القطري الى المركز الرابع في الدورة الثانية عشرة في الامارات عام 94، قبل ان يعود الى المقدمة في الدورة التالية في عمان عام 96 عندما حل ثانيا بعد الكويت بقيادة المدرب الهولندي جو بونفرير. واختير الحارس القطري يونس احمد افضل حارس في الدورة.
وكانت نتيجة المنتخب القطري في الدورة الرابعة عشرة في البحرين عام 98 الاسوأ له في تاريخ مشاركاته في دورات كأس الخليج عندما حل سادسا واخيرا. وكان «العنابي» قريبا جدا من اللقب في «خليجي 14» في الرياض عام 2002 حين وصل الى الجولة الاخيرة الحاسمة متقدما بالنقاط عن جميع منافسيه، وكان بحاجة الى تعادل فقط مع نظيره السعودي، وليس هذا فقط، بل ان التعادل كان مسيطرا حتى ربع الساعة الاخير قبل ان يسجل اصحاب الارض فوزا 3-1 تاركين للقطرين المركز الثاني.
وفي «خليجي 16» في الكويت عام 2004، حلت قطر ثالثة، اما في النسخة قبل الماضية في الدوحة عام 2004، صعدت الى نصف النهائي مع عمان، حيث تغلبت على الكويت 2-صفر، قبل ان تفوز على عمان في النهائي بركلات الترجيح 5-4 بعد انتهاء الوقتين الاصلي والاضافي 1-1.وفي الدورة الماضية في ابو ظبي مطلع عام 2007، وقعت قطر في مجموعة حديدية تضم السعودية والعراق والبحرين.