حجره الأساسي وضع عام 1993ويمتد على مساحة 1700 متر مربع ويقع فى الطابق الأول، حيث يعرض لشواهد حياه العصور المختلفة للحضارة المصرية بدءاً من الحضارة الفرعونية إلى الحضارة الاسلامية فيما يمكن الزائر من التعرف عن قرب على مفردات الحياة والحضارات المختلفة وأبرزها الفرعونية واليونانية والرومانية والقبطية والاسلامية، كما يستطيع الزوار مشاهدة المقتينات التي تم العثور عليها في موقع مكتبة الإسكندرية القديمة والكنوز التي تم انتشالها من البحر المتوسط، بالإضافة إلى قطع تاريخية أخرى.
يحتضن المتحف أكثر من 1079 قطعة اثرية تم احضارها من متاحف مخلتفة داخل مصر ومنها متاحف الفيوم والاقصر والمتحف المصري والاسلامي والمتحف اليونانى الرومانى بالاسكندرية. ومن ابرز المتقنيات الاثار التي تم العثور عليها في موقع المكتبة والتي تدل على الحياة التاريخية التي عاشتها المنطقة وبالتالي التعرف على طبيعة الحياة الدينية والاجتماعية والثقافية للسكان الذين كانوا يعشيون فيها.
قاعات المتحف1 - القاعة الرئيسية: وهي أكبر القاعات المخصصة لعرض المقتينات المهمة فيما استخدمت في طريقة العرض الاساليب والمواصفات العالمية في ترتيب المتاحف، وتضم هذه القاعة مقتنيات تجسد الحقب التاريخية المختلفة التي عايشتها الحضارة المصرية بدءا من العصور القديمة ثم العصر اليوناني والعصر البطلمي والعصر الروماني، مرورا بالفنون القبطية، الفنون الإسلامية، الآثار الغارقة في مصر.
2 - قاعة المومياوات: وينظر اليها على أنها من أبرز وأهم القاعات وأكثرها استقبالا للزوار حيث تختلف عن غيرها بأنها تحتضن مومياء من العصر الروماني وتابوتين من العصرين الفرعوني والبطلمي. 3 - قاعة حفريات مكتبة الإسكندرية: وتعد المحور الرئيسي للمتحف حيث يوجد بين اركانها مقتنيات ذات أهمية تاريخية وفنية تحكي مفردات عصر الفنون في الاسكندرية ونهضتها المتميزة.
4 - القاعة الجانبية: وهي أحدث القاعات وتم إضافتها إلى المتحف خلال السنوات الماضية حيث تحتوي على مجموعة رائعة من الأدوات الجنائزية، والقرابين، بالإضافة إلى مجموعة متنوعة من التماثيل.ويعمل المتحف طبقا لآخر تطورات التقنية حيث يستخدم الدليل الرقمي للزوار بما يساهم في سرعة الوصول الى القاعات والاطلاع على المحتويات المختلفة اضافة الى انه يوفر جولات إرشادية مجانا باللغات العربية والإنجليزية والفرنسية والإيطالية فيما تستغرق الجولة حوالي ساعة واحدة.
تتمثل المقتنيات الاسلامية في الاهداء الذي جاء من متحف الفن الإسلامي وهو عبارة عن بعض مقتنياته ويغطي الفترة من ظهور الإسلام حتى الوقت الحاضر. ومن ضمن المجموعة يعرض في متحف المكتبة فنون تطبيقية مزينة بكتابات باللغة العربية. وتوجد نصوص من القرآن الكريم تدلل على أن القراءة والكتابة هي ما تميز الإنسان عن باقي المخلوقات وهي التي تمده بالمعرفة التي تنير عقله.
والفنون التطبيقية المعروضة تضم مجموعة من العاج المنقوش وقطعاً من أوان ملونة منقوش عليها أسماء أشهر صناع الأواني في ذلك الوقت، وقطعاً من المشربيات الخشبية بشكلها الهندسي ومجموعة من عملات الشرق الأوسط وبعض الأشكال الهندسية تحمل عبارات دينية ومثال ذلك: مشكاة بشرائط من الكتابات العربية لألقاب السلطان حسن، مصنعة من إناء زجاجي في داخله مصباح زيتي.
المشكاة كانت تعلق في السقف بسلاسل.ومحبرة مستطيلة بها ثلاثة تجاويف للحبر محفورة ومزينة بأشكال لزهور وكتابات عربية وتمثل تقنية التعامل مع مختلف المعادن. ومن أهم مقتنيات مصر القديمة بعض الأواني التي عثر عليها عند هرم زوسر في سقارة ومنها مركب خشبية مقوسة على رأس حيوان يعود الى الاسرة الحادية عشرة ومصنوعة من الحجر الجيري، وتجسد طبيعة الحياة البحرية حيث يبدو على متنها أربعة رجال يجدفون، اثنان في المقدمة واثنان في المؤخرة.
وقد فقدت المجاديف. كما يوجد قطعة من عامود، منحوت عليها حروف هيروغليفية تكون سبعة أعمدة من اليسار إلى اليمين، لتمجيد الإله آمون ويعود تاريخها الى الاسرة الحديثة ومصنوعة من الحجر الجيري. وتحتفظ القطعة بألوانها الأصلية.
وأيضا هناك قطعة من حائط مقبرة وموقعها القصاصيف في الاقصر، توضح بنحت بارز المتوفى وهو يجلس ويحيط بعنقه عقد ويظهر خلفه جزء من وجه زوجته ممسكة يده اليمنى وكتفه الأيسر، جسمه ملون باللون الأحمر وزوجته باللون الأصفر وفوقهما بقايا أربعة أعمدة من الحروف الهيروغليفية والتي تصف الزوجة بالمحبوبة. ويعتقد بانها تعود إلى الاسرة الحديثة.
أما ابرز المقتنيات اليونانية فهي تمثال نصفي لسقراط ( 469-399 قبل الميلاد) الفيلسوف اليوناني الشهير الذي يمثل قمة الفكر الفلسفي اليوناني. وهو مشهور بأسلوبه الفريد في المناقشة للوصول إلى الحقائق المجردة.
وموقعه الاصلي حديقة انتيونيادس- الإسكندر خلال العهد اليوناني ومصنوعة من الرخام الابيض بارتفاع 160سم, ويجسد مقتنيات الآثار الرومانية مجموعة تماثيل صغيرة ورؤوس لتماثيل تمثل الحياة اليومية اليونانية، كما تمثل العادات وطريقة تصفيف الشعر والهوايات خلال هذه الفترة. وتتضمن المجموعة كذلك التماثيل الزخرفية الخيالية ولعب الأطفال على هيئة حيوانات وطيور بالإضافة إلى أقنعة جنائزية مصنعة من الجص.
وهناك ايضا تمثال لطفل نائم يجلس على قاعدة ويسند رأسه بيده اليسرى. ويرتدي ثوباً إغريقياً وشملة بغطاء رأس مخروطي الشكل. ويوجد ثلاث خصلات من الشعر تحت غطاء الرأس. ثنايا الثوب محددة بدقة كذلك الخف في قدمه. التمثال به قاعدة مستديرة يوجد بها بقايا نتوء من المحتمل أن تكون جزءاً من عامود كانت تتكئ عليه اليد اليمنى.
ويضم المتحف كذلك مومياء لسيدة ملفوفة بشريط من القماش ومغطاة بصندوق مكون من خمس قطع: القطعة الأولى قناع يغطي الوجه ويمثل قسمات الوجه والعينين والفم والأذنين ومحاط بخصلتين من الشعر،والوجه مطلي بالذهب. القطعة الثانية للصدر ومزينة بجعران يفرد جناحيه وفي نهاية كل جناح رأس صقر وفوقها قرص الشمس.
القطعة الثالثة تغطي الجسم وتحمل صورة للإله توت تجلس وهي تفرد يديها وهي على هيئة أجنحة الطيور. وفي نهاية كل جناح يد تمسك ريشة العدل للإله مآت. القطعة الرابعة مستطيلة الشكل ويحيط بها شريط مزين بأشكال هندسية ويضم سطراً بالطول من الحروف الهيروغليفية. القطعة الخامسة تغطي الأرجل والجزء الأعلى مطلي برسم للأرجل وأسفلها خفان ملونان.
ويبدو واضحا ايضا وجود المقتنيات القبطية وأهمها أيقونة تمثل السيد المسيح وهو جالس على عرش المجد ومحاط بطريقة رمزية بالأربع حواري. وفي اليد اليسرى للسيد المسيح لفافة من الورق تحمل مقطعاً من الإنجيل، ومحاط بلفافة أخرى من الورق بالحبر الأحمر.صنع الأيقونة إبراهيم وأوهان الأرمني عام 1464 بالتقويم القبطي (1748 ميلادية).
وكذلك يوجد حامل للإنجيل مكون من ثلاثة أجزاء: الجزء العلوي يوضع عليه الإنجيل مفتوحاً، الجزء الأوسط يمثل الحامل، والجزء الأسفل صندوق محلى بحروف قبطية وصلبان وكتابات باللغة العربية. ومن أهم مقتنيات الآثار الغارقة هي التي قام بالعثور عليها فريق تم تشكيله عام 1996 ويتبع للمجلس الاعلى للآثار حيث اكتشف في قلعة قايتباي جزء من الحي الملكي في الميناء الشرقي بالإسكندرية. وكما كان عام 1962 له أهمية، وكما ترك انتشال التمثال العملاق لإيزيس من قاع البحر المتوسط أثراً كبيراً، فقد أثرت كذلك الاكتشافات التي تمت عام 1933 في خليج أبي قير.
كما يعرض المتحف بعض التحف التي تم اكتشافها في كل من الميناء الشرقي بالإسكندرية وخليج أبي قير ومنها تمثال بدون رأس لسيدة (يعتقد أنه للإله إيزيس) في وضع السير، والذي تظهر فيه القدم اليسرى متقدمة، وترتدي رداءً شفافاً يبرز مفاتن جسدها. الرداء مربوط على كتفها الأيسر بعقدة، واليد اليمنى ممدودة بجانب جسدها والكف مفقود والأرجل كذلك مفقودة.
وايضا هناك رأس الإله سيرابيس بثقب في أعلاه للتثبيت، والإله سيرابيس انصهر في مفاهيم الديانات المصرية واليونانية أساسا في الإسكندرية حيث بدأ بطليموس الأول ثقافته وأنشئ له أول ضريح لتقديسه وأطلق عليه سيرابيوم، واستمر تقديسه خلال العصر الروماني وانتشرت معابده في الإمبراطورية الرومانية.
ويضم المتحف كذلك بعض التحف الفنية التي تم العثور عليها في موقع المكتبة ومنها رأس الملك بطليموس الثالث (246-222 قبل الميلاد) ثالث حاكم في عصر البطالمة بمعاونة المرشدين المتخصصين. وكان بطليموس الثالث وريث والدة بطليموس الثاني حاكم مصر. أما تمثال رأس الملك بطليموس المنحوت من الحجر الجيري فيوجد في جبهته من الجهة اليسرى كسر مع ثقب في الجبهة.وايضا توجد قطعة من الفسيفساء الأرضية تشهد على مستوى حرفية الفنان السكندري في صناعة الفسيفساء خاصة التي صممت للبلاط الملكي البطلمي في العصر الهلينستي.
وفي الوسط شكل دائرة تحيط بصورة نادرة لكلب بجانب إناء يوناني من البرونز مقلوب Askos تفاصيل المنظر وانعكاس الضوء على المعدن معالج بمهارة فنية عالية.ويعتبر متحف الآثار التابع لمكتبة الاسكندرية ضمن متاحف اخرى مهمة وهي متحف المخطوطات الذي يعتبر بمثابة أحد المراكز الأكاديميَّة الملحقة بمكتبة الإسكندريَّة،.
وقد أنشئ هذا المتحف بموجب القرار الجمهوري رقم (269) لعام 2002. ومتحف تاريخ العلوم الذي يعرض المُتحف تطور العلوم في مصر على مدى ثلاث فترات تاريخية متعاقبة تتكون منها الأقسام الرئيسية للمتحف وهي: القسم الفرعوني والقسم اليوناني وقسم العلوم العربية والإسلامية وأخيرا متحف القبة السماوية ويتكون مركز علوم القبة السماوية من القبة السماوية ومتحف تاريخ العلوم الذي يقع داخل الهرم المقلوب أسفل القبة السماوية.