يعرض القسم الإسلامي في متحف الشيخ سعيد القاسمي في كلباء مخطوطة كاملة للقرآن الكريم نادرة أعيد طباعتها بعد أن كانت محفوظة في خزائن المتاحف قرابة 700 عام، كما يعرض عدداً من المخطوطات في علمي الصرف والنحو وبعض العملات الإسلامية القديمة التي تعود إلى العهد الأموي والعباسي.
ويضم المعرض الإسلامي المصور في المتحف 27 صورة قديمة جدا تعرض مراحل تطور الحرم المكي ومرافقة الحيوية، فضلا عن احتوائه على قطعة من ستار الكعبة مصنوعة من الحرير الأسود