أكثر المشاكل التي تمر بها المدارس الخاصة تعود لضعف إدارتها ووجود المدير الصوري الذي لا يحل ولا يربط إلا بالرجوع إلى صاحب الترخيص بل إن هذا الوضع يفتح المجال لآخرين لمحاولة التحكم وإدارة المدرسة طبقا لنفسياتهم وشخصياتهم غير السوية نظرا لضعف المدير.
إحدى الأمهات شكت من تعامل مشرف إداري مع أولادها في المدرسة بشكل سييء وعندما راجعت المدرسة لم تجد شخصا تتوجه إليه بشكواها فهذا المشرف هو الآمر الناهي والمدير لا يتواجد كثيرا في المدرسة.
وهنا تساءلت عن معايير اختيار المدراء وضرورة أن تكون هناك رقابة ولجان مختصة في التوجيه الإداري تتابع المدارس الخاصة لأن البعض يتعامل معها وكأنها ملكية خاصة.