كثير من المخالفات الأكاديمية والمهنية ارتكبتها المدارس الخاصة، واستوجبت من وزارة التربية إعادة النظر فيها. وارتأت معها أن تكون عملية اختيار الهيئة الإدارية عبر لجنة من المناطق التعليمية لا يقل عدد الأشخاص فيها عن ثلاثة ويكون أحدهم ملماً بالجوانب الفنية ويتمتع بالكفاءة اللازمة في هذا المجال.
هذا الإجراء من جانب التربية يهدف إلى مساعدة المناطق في اختيار الهيئات الإدارية في هذه المدارس بشكل صحيح ويمكِّنها من وضع الإنسان المناسب في المكان المناسب ويضمن أن يكون الكادر العامل فيها متمتعاً بمهارات وكفاءات تربوية عالية.
غير ذلك اتخذت الوزارة عدداً من الإجراءات الإدارية تقضي بإلزام المدارس الخاصة باستكمال الجانب الأكاديمي كشرط للحصول على الرخصة النهائية ووقف التجاوزات التي تمارسها بعض المدارس حفاظاً على مصلحة الطلبة.