يعتبر وزير الدفاع الجديد عبدالفتاح السيسي معارضاً دائماً لسياسات المجلس الأعلى للقوات المسلحة، وكان الكشف عن فضيحة كبرى تورط فيها عدد من قيادات المجلس في تعذيب الفتيات المصريات المشاركات في تظاهرات ما بعد ثورة 25 يناير، والشهيرة إعلاميًا بحادثة «كشف العذرية».

جاء السيسي من قيادة المخابرات الحربية، واشتهر في صفوف القوات المسلحة بصراحته وخلقه ورفضه لأي انتهاكات أو فساد، إذ كان أول المتحدثين عن ضرورة ما سماه بـ«تغيير ثقافة القوات المسلحة».

وأول من تحدث عن عدم تورط الجيش في استخدام العنف ضد المتظاهرين في عدد من المواقف والتظاهرات المختلفة التي شهدتها مصر خلال المرحلة الانتقالية.. وحاول السيسي طمأنة الشارع المصري لما أكد على عدم إمكانية تورط القوات المسلحة في اعتقال المتظاهرات مرة أخرى.

ويواجه السيسي جملة من الملفات الصعبة، يبدأها بملف الوضع الأمني على الحدود، خاصة في سيناء، فضلا عن التصدي لأي محاولة للتعدي على الحدود المصرية.. كما يواجه مهمة إعادة الثقة بين الشعب والقوات المسلحة خاصة أن المؤسسة العسكرية تعرضت للنقد خلال المرحلة الأخيرة بصورة كبيرة من قبل قوى سياسية وثورية مختلفة.