نفت حركتا «حماس» و«الجهاد الإسلامي» وجود أعضاء من الحركتين من ضمن الأسرى المحررين، واعتبرتا ان إفراج إسرائيل عن 255 أسيرا غالبيتهم من حركة فتح بمثابة «صب زيت على نار» الفتنة الفلسطينية وتكريس للانقسام في البيت الفلسطيني.
وقال الناطق باسم «حماس» سامي أبوزهري أن يكون ضمن الأسرى الذين أفرجت عنهم إسرائيل 30 عضواً من حركة حماس وفق ما أعلن مسؤول فلسطيني في وقت سابق. وقال أبو زهري «الادعاء بوجود 30 أسيراً من حركة حماس ضمن الأسرى المفرج عنهم ادعاء لا أساس له من الصحة ويهدف للتغطية على الحرج الذي سببته هذه الصفقة للرئيس الفلسطيني محمود عباس وحركة فتح».
وكان وكيل وزارة شؤون الأسرى الفلسطينية، زياد أبوعين، قال إن 30 من المفرج عنهم ينتمون لحركة حماس واثنين من حركة «الجهاد». وقال قيادي «الجهاد» الشيخ خالد البطش ان «ظروف إطلاق سراح الأسرى من خلال كيد إسرائيل بتمييز طرف على حساب آخر محاولة لصب الزيت على نار الفتنة».