نشأت الجماعة الاسلامية المصرية فى بداية السبعينيات داخل جامعة اسيوط وانتشرت فى جامعات الصعيد وبدات كتنظيم دعوى اعتمد على كتب ابن تيمية وسيد قطب. لكن الجماعة سرعان ما تحولت، الى تنظيم سياسي واختير الاستاذ بجامعة الازهر الدكتور عمر عبد الرحمن اميراً عاما للتنظيم مع مجلس شورى لادارة الجماعة وبعد توقيف اعضاء مجلس الشورى فى عام 1981، أعيد تأسيس الجماعة مرة اخرة واصبح عمر عبد الرحمن مفتيا للتنظيم ومرشدا روحيا وتولى مجلس الشورى قيادة الجماعة من داخل السجن فيما تم تأسيس جناح عسكرى للجماعة تولاه مصطفى حمزه الذى شكل مطلع منتصف التسعينيات قيادة ثلاثية خارج مصر لادارة الجماعة الاسلامية وخاصة بعد اعلان مبادرة وقف العنف التى عارضها قائد الجماعة بالخارج رفاعى أحمد طه الذى تمت تنحيته. وبعكس جماعة الجهاد التى تعد تنظيما نخبويا يختار أعضاءه ويعمل بشكل رأسى فإن الجماعة الاسلامية اعتمدت على المساجد والتوسع الافقى فى مدن وقرى صعيد مصر لضم أكبر عدد من الاعضاء وتوسيع قاعدة التنظيم بينما ظل الجناح العسكرى للجماعة نخبويا. واعتمدت الجماعة فى عملها على الشكل العنقودى وتقسيم الاعضاء الى خلايا فى المدن والقرى. وازداد الانفصال بين كل خلية واخرى خاصة مع بداية الموجة الاخيرة من العنف مطلع التسعينيات لكن الجماعة حافظت طوال تاريخها على الانضباط التنظيمى وعلى مبدأ السمع والطاعة للولاء للقادة والأمراء والمسئولين.. ويحظى القادة بمكانة خاصة بين الاعضاء باعتبارهم الشيوخ المؤسسين