انهمك محققون من فرنسا وامريكا وبريطانيا في محاولة فك لغز ايرباص طيران الخليج اثر انتشال الصندوقين الاسودين للطائرة المنكوبة بالاضافة الى لجنة بحرينية فتحت تحقيقا لمعرفة اسباب الحادث, بينما بدأ العديد من عائلات الضحايا عملية التعرف على اقربائهم بين الجثث التي تم انتشالها لجميع الركاب الذين كانوا على متن الطائرة وعددهم 143 بينهم 30 تحت سن الثانية عشرة. ووصل الى المنامة 142 مصريا على طائرة خاصة لطيران الخليج على رحلة خاصة رافقهم فيها اطباء ورجال دين من اجل استلام جثث ذويهم. وكانت فرق الانقاذ نجحت في العثور على الصندوقين الاسودين للطائرة وانتشال حطامها من مياه ضحلة وهي مسألة من شأنها تسهيل مهمة المحققين الذين بدأوا بالفعل معرفة اسباب الكارثة التي تعتبر الاسوأ من حيث حجم الضحايا في سجل طيران الخليج التي تعتبر اكبر ناقل اقليمي في الوطن العربي. ومع تعدد الروايات حول المشهد الاخير للكارثة فإن علامات استفهام كبرى معلنة حول المحاولات الفاشلة التي قام بها الطيار للهبوط في غياب معلومات متوافرة لدى برج المراقبة. ونفت المنامة تقارير تحدثت عن اندلاع حريق بمحرك الطائرة قبل لحظات من وقوعها مما فتح الباب واسعا أمام علامات استفهام حول الدوافع التي ادت الى قيام ملاح الطائرة البحريني بالدوران ثلاث مرات وعدم الهبوط بها على المدرج من المرة الاولى. وكانت شبكة التلفزيون البريطانية ذكرت ان الطائرة سقطت بسرعة حادة مثل (السهم) وان السبب وراء قيام قائد الطائرة بمحاولة اخرى للهبوط هو انه عندما نظرالى ارض الممر وجد نفسه عاليا للغاية عن مستوى الهبوط والقيام بمحاولة هبوط ناجحة, ولذا فقد قام بالدوران للقيام بمحاولة ثانية, ولكن لم يعرف بعد ماذا حدث بعد ذلك وهو ماسيتم معرفته من خلال فحص محتويات الصندوقين الاسودين. وأشارت الشبكة الى ان شركة ايرباص المصنعة للطائرة ارسلت وفدا بريطانيا من المختصين للمساعدة فى التحقيقات. كما ارسل مكتب التحقيقات والحوادث الفرنسي اثنين من المحققين للمساعدة في كشف الحادث يرافقهما اربعة تقنيين سيقومون بتحليل محتويات الصندوقين الاسودين. كما ان هيئة سلامة النقل الامريكي اعلنت ارسال محققين بناء على طلب من البحرين. وكان مصدر بحريني قال في وقت سابق إن الطائرة المنكوبة (ارتطمت بحافة الساحل عند قرية سماهيج) قبل بضعة أمتار من بداية مدرج الهبوط أو قبل ثوان من هبوطها مشيرا إلى أنها تحولت إلى (كتلة من اللهب) . وكانت طيران الخليج اعلنت من جانبها ان الطائرة هبطت وأقلعت في القاهرة, دون مشاكل وان عمليات التحقيق لم تكشف اي خلل. وأعلنت البحرين الحداد ثلاثة ايام على ارواح الضحايا وهاتف الشيخ حمد بن عيسى أمير البحرين الرئيس المصري حسني مبارك معزيا بوفاة المصريين الذين كانوا على متن الطائرة, كما أعرب مبارك عن تعازيه للشيخ حمد بوفاة المواطنين البحرينيين وعبر الرئيس المصري عن شكره للبحرين على جهودها منذ وقوع الكارثة.