أصدر صاحب السمو الشيخ مكتوم بن راشد آل مكتوم نائب رئيس الدولة رئيس مجلس الوزراء حاكم دبي المرسوم رقم (12) لسنة 2000 بانشاء مؤسسة جائزة الشيخ زايد الدولية للبيئة حيث نصت المادة الثانية من المرسوم على انشاء مؤسسة خاصة باسم (جائزة الشيخ زايد الدولية للبيئة) ، وتكون لها الشخصية المعنوية وتتمتع بالأهلية الكاملة للتصرف في حدود أغراضها وأحكام هذا المرسوم. ويشتمل المرسوم على 22 مادة خاصة بتعريفات الجائزة وأهدافها ومجالات الأنشطة التي تعمل بها وحقولها الرئيسية وتخصصات اللجنة العليا للمؤسسة وشروط الترشيحات للتقدم للحصول على الجائزة. وأصدر الفريق أول سمو الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم ولي عهد دبي وزير الدفاع قرارا بتعيين أعضاء اللجنة العليا لمؤسسة الجائزة. ويشتمل القرار على مادتين حيث تم تشكيل اللجنة من 12 شخصية من الشخصيات البارزة في المجتمع ويترأسها الدكتور محمد أحمد بن فهد.