تضع جمعية بيت الخير كفالة الأيتام ورعايتهم في صلب أولوياتها، وقد أطلقت العديد من البرامج والمشاريع التي تهدف إلى توفير الرعاية والكفالة للأيتام من مواطني دولة الإمارات، ممن فقدوا آباءهم ولم يبلغوا سن الرشد، مع ثبوت حاجتهم الفعلية للمساعدة. وتساعد الجمعية شهرياً 1940 يتيماً، ينتمون إلى 516 أسرة، وتقدم لهم دعماً شهرياً نقدياً لا يقل عن 500 درهم لليتيم.