من المعروف أن ختان الذكور يخفض خطورة الإصابة بمرض نقص المناعة المكتسبة (الإيدز) لحوالي النصف. ولقد دعم علماء من مؤسسة أبحاث علم الجينوم المتعلق بالحركة في الولايات المتحدة النظرية السابقة، وأظهروا أن ختان الذكور يمنع البكتيريا الضارة من إيجاد مأوى لها للعيش، ما يؤدي لحفاظ جهاز المناعة على نشاطه، نظرا لاختفاء أعداد كبيرة من البكتيريا التناسلية الموجودة أسفل الجلد المزال. ولاحظ الباحثون الأميركيون أن معدل البكتيريا لدى الرجال الذين أجروا عمليات ختان، ينخفض سنويا بمعدل 81%، وذلك بعد الجراحة، وكان هناك انخفاض كبير وملحوظ في البكتيريا اللاهوائية.
كما لاحظ الباحثون انخفاضا في أعداد البكتيريا لدى الرجال الذين لم يخضعوا للختان، لكن بنسب أقل، وذلك وفقا لتعليمات النظافة الشخصية التي وجهت لجميع المشاركين في الدراسة.