لا تخلو عملية التسويق عبر الانترنت من تحديات، اذ تتمثل عيوب هذا التسويق في بعض النقاط أهمها: عدم إلمام كافة المستهلكين بالتعامل مع شبكة الانترنت وكذلك صعوبة الاتصال بالشبكة في بعض الدول. هناك أيضا بعض السلع مثل الملابس والعطور التي يحتاج المستهلك إلى تجربتها بنفسه حتى يتخذ قرار الشراء وهو ما يجعل المنتجين يضعون ضمانات عديدة للمستهلك تتمثل في استرداد نقوده خلال فترة معينة في حالة عدم رضائه عن السلعة. العامل المهم في التسويق الالكتروني والذي يمثل صعوبة لبعض المستهلكين هو المحافظة على سرية معلوماتهم الشخصية على الشبكة لان هناك شركات عديدة تبيع تلك البيانات إلى شركات أخرى مما يؤدي لتردد المستهلكين في عملية الشراء، لذلك تسعى الشركات الكبرى إلى طمأنة المستهلك بان بياناته الشخصية لن يتم خروجها إلى شركات أخرى وستظل سرية إلى الأبد .
