تقدم زهرة البابونج دوراً مهماً في علاج الكثير من الاضطرابات، كما تستعمل خلاصتها لمعالجة الالتهابات الجلدية والقروح والجروح في الفم والتهاب الأظافر. وتعالج البابونج الصداع والحميات وتقوي الكبد وتفتت الحصى، وتنقي الصدر، وتزيل البثور، وتذهب الإعياء والتعب ونزلات البرد.
ويستخدم بخار مغلي الأزهار للاستنشاق في حالة التهاب المسالك الهوائية: الأنف والحنجرة والقصبة الهوائية. بينما يوظف مستحلب الأزهار من الخارج لغسل العيون المصابة بالرمد، ومغلي البابونج مفيد لحالات الاضطرابات الهضمية ومضاد للتقلصات وخافض للحرارة يستخدم البابونج أيضاً في مستحضرات التجميل الطبية. وتتميز رائحة البابونج بأنها زكية وشبيهة برائحة التفاح، وألف الناس في بغداد شراء زهرة البابونج وتجفيفها، حرصاً على الاستفادة منها في مواسم مثل الشتاء.