يعتبر العين هو أكثر الأندية مشاركة في دوري أبطال آسيا بعد المسمى الجديد للبطولة والتي انطلقت عام 2003 في نسختها الأولى بعد دمج بطل الدوري وبطل الكأس في مسابقة واحدة، وأحرز العين لقب النسخة الأولى عقب فوزه بمجموع المباراتين أمام تيرو ساسانا التايلاندي 2/1 وتلك المشاركة هي الرابعة على التوالي حيث شارك في النسخة الثانية ببطولة عام 2004 بدءاً من دور الثمانية ولكنه خرج أمام بطل كوريا الجنوبية، وفي النسخة الثالثة عام 2004 نجح العين في التأهل للمباراة النهائية أمام اتحاد جدة السعودي ولكن الاتحاد نجح في الحفاظ على لقبه.

أما مشاركة الوحدة ممثل الإمارات بالبطولة بتلك البطولة الجديدة تعتبر الثانية للعنابي حيث شارك في النسخة الثانية عام 2004 مع الشارقة ونجح في التأهل لدور الثمانية ولكنه خرج من هذا الدور أمام باختاكور الأوزبكي.