بموجب مشروع القانون يكون للهيئة مدير عام بدرجة وكيل وزارة يعين بمرسوم اتحادي بناء على ترشيح من رئيس الهيئة ويمارس المدير العام الصلاحيات اللازمة لإدارة الهيئة والاشراف على شؤونها وهو الممثل القانوني للهيئة في علاقاتها مع الغير وأمام القضاء وله بصفة خاصة اعداد استراتيجية وخطط وبرامج الهيئة ورفعها لرئيس الهيئة لإقرارها ومتابعة تنفيذها وإعداد مشروع الهيكل التنظيمي للهيئة وعرضه على رئيس الهيئة لإقراره ورفعه لمجلس الوزراء لاعتماده وإصداره.
ويقوم المدير العام بإعداد مشروعات الأنظمة الداخلية اللازمة لتسيير العمل بالهيئة وعرضها على رئيس الهيئة لاعتمادها وإصدارها والاشراف على تصريف شؤون الهيئة الفنية والادارية والمالية في الحدود المقررة في هذا القانون وفي لوائح الهيئة وقرارات رئيس الهيئة وتعيين موظفي الهيئة وحتى الدرجة الثانية وإصدار القرارات المنظمة بشؤون الموارد البشرية في الهيئة وفقا لنظام الموارد البشرية النافذ بالهيئة.