أوضح مشروع قانون إنشاء الهيئة الاتحادية للجمارك أن الهيئة سيكون لها جهاز إداري يعاون المدير العام في الاختصاصات المنوطة به، ويتم تعيين اعضائه وفقاً لنظام الموارد البشرية المطبق في الهيئة، ويكون للهيئة ميزانية مستقلة تلحق بالميزانية العامة للدولة وتتم ادارة اموال الهيئة وتنظيم شؤونها المالية والحسابية وفقاً للقواعد المقررة في لائحة السياسات المالية والمحاسبية الموحدة للجهات الاتحادية المستقلة المعمول بها في الحكومة الاتحادية.
وتكون ايرادات الهيئة من الاعتمادات السنوية التي تخصص للهيئة في الميزانية العامة للاتحاد والإيرادات التي تحققها من ممارسة أنشطها بما في ذلك اية رسوم قد تكون مستحقة لها بموجب اللوائح والقرارات والأنظمة النفاذة والهبات والإعانات والمنح والوصايا التي يقرر مجلس الوزراء أو من يفوضه قبولها وتعتبر اموال الهيئة اموالاً عامة تعفى من الرقابة المسبقة لديوان المحاسبة كما تعفى من جميع الضرائب والرسوم.