يعتبر ملف الأجهزة الأمنية الفلسطينية من أهم المسائل المثيرة للجدل في مسار المصالحة الوطنية. وما يزيد من تعقيدات هذه المسألة هو أن تلك الأجهزة متعددة الولاءات. يعتبر جهاز الأمن الوقائي الأكثر تنظيماً لكونه ممسكاً بملف أمن مناطق السلطة وهو يضم في صفوفه نحو خمسة آلاف عنصر معظمهم من «فتح».
ويأتي بعدها الأمن الرئاسي أو ما يعرف ب«القوة 17» التي تأسست مطلع التسعينات لحماية الرئيس الراحل ياسر عرفات وتقدر عددها بقرابة ألف عنصر. أما المخابرات العامة، فتحل في المرتبة الثالثة من حيث الأهمية بتعداد 2500 عضو رغم أنها الأقدم حيث تأسست في أواخر الستينات على يد مجموعة من قادة «فتح» أبرزهم أبو أياد وأبو الهول.
وتندرج هذه الأجهزة تحت مسمى «الأمن الداخلي» أما الأمن الداخلي فيضم تحت لوائه جهاز الأمن العام الذي يناط بعناصره مواجهة عمليات جهاز «شين بيت» الإسرائيلي.
والشرطة البحرية التي يقدر عددها بحوالي ألف شرطي. وجهاز الأمن الجوي وهو جهاز صغير يملك 5 مروحيات ومهمته تأمين نقل المسؤولين بين الضفة القطاع. أما «القوة التنفيذية» التابعة لحركة «حماس» فشكلت العام 2006 بقوة 5 آلاف عنصر. ويعتبر هذا الجهاز قوة إسناد للأجهزة الأمنية الأخرى.