نددت حركتا فتح وحماس ببيان طابا وأكدنا على استمرار الانتفاضة الفلسطينية حتى تحقيق أهدافها في الاستقلال التام ورأى أمين سر فتح في الضفة الغربية مروان برغوثي ان البيان لايساوي الحبر الذي كتب به. وقال مروان البرغوثي أمين سر حركة فتح في الضفة الغربية ان ما جرى في طابا (مخيب لآمال الشعب الفلسطيني ولعذاباته المستمرة واليومية), مؤكدا أن (قرار الشعب الفلسطيني سيبقى على حاله مستمر في انتفاضته ومقاومته حتى دحر وطرد الاحتلال من أرضنا .. وإقامة الدولة الفلسطينية المستقلة ذات سيادة كاملة وعاصمتها القدس الشريف). واعتبر مسئول فتح, كبرى فصائل منظمة التحرير الفلسطينية بزعامة ياسر عرفات, أن البيان (لم يأت على جملة مفيدة في صالح القضية الوطنية أو طرد الاحتلال من أرضنا.. إنه لا يساوي الحبر الذي كتب به). من جهتها رفضت حركة المقاومة الاسلامية (حماس) نتائج مفاوضات طابا, وقال محمود الزهار أحد قياديي حماس في غزة (اننا استقبلنا هذه الصور من طابا بمزيد من المرارة والاسى على ما آلت إليه الحالة الفلسطينية). وأضاف ان إسرائيل (تستخدم هذه اللقاءات من أجل أغراض إسرائيلية بحتة وبعيدة كل البعد عن الاستجابة لمطالب الشعب الفلسطيني الكاملة في حقه في تراب وطنه ومقدساته). وحول ما إذا كانت الحركة الاصولية تتخوف من إمكانية شن السلطة الفلسطينية حملات اعتقال ضد عناصرها, قال الزهار (إننا نتخوف من كل لقاء بين الجانبين الفلسطيني والاسرائيلي, وبات واضحاً أن هناك محاولات إسرائيلية لمصادرة حق شعبنا في حقوقه). واعتبر قيادي حماس ان (لقاءات طابا تمس مشاعر الفلسطينيين جميعاً وأسر الشهداء والمعتقلين والجرحى). د.ب.ا