يمتاز مسجد حمودة بن علي في العين بمعماره المنسجم مع البيئة المحلية وألوانه الرملية، كما نجح المصمم الذي استخدم أساليب معمارية عدة في توليفة واحدة ان يقدم طرازاً مختلفاً ومميزاً، فقد بدت مئذنة المسجد بشكلها المربع جسماً واحداً متماسكاً تزينها النوافذ المزدوجة وتكملها زخارف مشغولة بعناية فائقة تريح عين الناظر إليها.
كما ظهرت واجهة المسجد المتألقة بالقناطر المرتفعة بأشكالها الدائرية والمخروطية التي تستلهم المعمار الأندلسي المتدرج بالنتوءات والتجاويف الملساء الزاخرة بالتفاصيل المبهرة تجعل من المسجد لوحة معمارية رائعة.