تحرص مؤسسة زايد على توثيق التعاون مع المؤسسات المجتمعية في الدولة، حيث وقعت عدداً من مذكرات التفاهم مع هذه المؤسسات بهدف التنسيق في نشر العمل الخيري، فقد وقعت مؤسسة زايد بن سلطان آل نهيان للأعمال الخيرية والإنسانية مذكرة تفاهم مع مؤسسة صقر بن محمد القاسمي للأعمال الخيرية بهدف تكثيف التعاون المشترك في مجالات العمل الخيري والإنساني والتعليمي وغيرها.
كما وقعت مؤسسة زايد مذكرة تفاهم مع صندوق الزواج بخصوص التعاون المشترك بين الجانبين في المجالات المختلفة والعمل على دعم العمل الخيري والمشاركة في المشاريع الخيرية والاجتماعية والتعاون وتبادل الخبرات كل في مجال تجاربه في ممارسة العمل الإنساني وخصوصاً في مجال برنامج الحج وأية برامج أخرى يتم تحديدها مستقبلاً.
ووقعت المؤسسة أيضاً مذكرات تفاهم مع جامعة القاسمية بالشارقة ووزارة الثقافة والشباب وتنمية المجتمع ومع جامعة محمد الخامس والهيئة العامة للشؤون الإسلامية والأوقاف وهيئة السياحة والتراث وجميع هذه المذكرات كان الهدف منها التنسيق والتعاون بين المؤسسة وهذه المؤسسات في مجالات الثقافة والعمل الخيري.