ذكر التقرير السنوي للهيئة الاتحادية للطاقة النووية لعام 2011 أن ميزانية الهيئة المعتمدة للعام 2012 بلغت 406 ملايين و85 ألف درهم خصصت 75% منها حوالي (307 ملايين درهم) لقسم الشؤون الإدارية والجزء المتبقي منها 25% (99.9 مليون درهم خصصت لقسم العمليات)، فيما بلغت جملة نفقات الهيئة خلال عام 2011 حوالي 257 مليون و44 ألف درهم وفي عام 2010 بلغت النفقات حوالي 148 مليوناً و83 ألف درهم.

ونوه التقرير إلى ان الزيادة التي طرأت على ميزانية عام 2012 بالمقارنة مع النفقات الفعلية لعام 2011 تعود بالأساس إلى التخطيط لزيادة عدد موظفي الهيئة من 134 موظفاً بنهاية ديسمبر 2011 إلى أكثر من 200 موظف في نهاية العام الجاري علماً أن رواتب كل موظفي الهيئة تندرج أيضاً تحت الموارد البشرية التابعة لقسم الشؤون الإدارية وليس على أساس كل قسم على حده فإن النفقات الإدارية ظلت تشكل الجزء الأكبر من النفقات خلال السنوات الثلاث.