بادرت جامعة الإمارات، بإنشاء مراكز أبحاث علمية بينية في مختلف التخصصات العلمية مثل، المركز الوطني للمياه، ومركز زايد للعلوم الصحية، ومركز خليفة للتقنيات الحيوية والهندسة الوراثية، ومركز أبحاث الطرق والمواصلات والسلامة المرورية، ومركز جامعة الإمارات للسياسة العامة والقيادة، والمركز الوطني لتكنولوجيا وعلوم الفضاء، وأخيرا مركز الإمارات للبحوث ودراسات السعادة.
إضافة إلى ذلك فقد تم طرح مسابقة تمويل مشاريع بحثية ضمن اهتمامات المراكز البحثية ذات الأولوية الوطنية بالدولة لإجراء بحوث علمية ترتبط ارتباطاً مباشراً بخدمة الدولة والمجتمع فقد تم تمويل 121 مشروعا بحثيا لهذه المسابقة منذ إنشائها في عام 2013 بقيمة قدرها 63 مليون درهم ضمن 6 مراكز بحثية.