99 تتناول قصة الفيلم شخصية «9» الغامضة الذي يبدأ حياته على سطح الأرض وبالصدفة يكتشف مجموعة من شبهائه، لكن تأتي مجموعة من الآلات التي تبحث عنه وعن مجموعته وتريد تدميرهم.