يتم تسيير الأنشطة والمهام المنوطة بالجائزة عبر فرق عمل مشكلة تعكس روح العمل الجماعي كما يلي: وحدة المسابقات: وتقوم بتنظيم المسابقة الدولية والمسابقة المحلية ومسابقة الحافظ المواطن ومسابقة أجمل ترتيل والإشراف على برنامج القراءات الذي طرحته الجائزة مؤخرا، وتختص بقبول طلبات الترشيح ضمن الشروط والضوابط المعتمدة، والإشراف على الاختبارات المبدئية، ونظام التحكيم المعتمد، واختيار أعضاء لجنة التحكيم، وإعداد الأسئلة وتنظيم الاستمارات وجداول توزيع المتسابقين، واستخراج النتائج، وكل ما يتصل بالمسابقات.
وحدة الشؤون الإدارية والمالية: وتقوم بوضع الميزانية السنوية للجائزة، وتوزيع المكافآت على المتسابقين، والإشراف على إيرادات الجائزة ومصروفاتها، وإعداد اللوائح الخاصة باستثمار أموال الجائزة والوقف التابع لها، وتنمية مواردها، وضبط نظام العمل الإداري والتطوعي في الجائزة، وإعداد برامج تقويم عمل الوحدات والإشراف على تطبيق معايير الجودة والأداء المتميز في الجائزة.
وحدة العلاقات العامة: وتقوم بتوجيه الدعوات للضيوف والمتسابقين والمشاركين، وتؤمن لهم تأشيرات الدخول والضيافة والإقامة في الفنادق وحجوزات السفر والاستقبال والوداع في المطار، وتنظم الاحتفالات التكريمية لكل فرع من فروع الجائزة.
وحدة الإعلام: وتقوم بصياغة الأخبار، والتواصل مع الصحافة والفضائيات والإذاعات المحلية والدولية، ومواقع الإنترنت المشهورة، لنشر أخبار الجائزة وتغطية فعالياتها، وإنتاج البرامج والأفلام اللازمة حول أنشطة الجائزة على مدار العام، وتقوم بالتوثيق الإعلامي لجميع فعاليات الجائزة وتحتفظ بأرشيف إعلامي متكامل.
وحدة الدراسات والبرامج: وتقوم بمتابعة الأعمال اللازمة في فرع تكريم شخصية العام الإسلامية، وتنظيم المحاضرات واختيار المحاضرين وعناوين المحاضرات، والإشراف على برنامج خدمة علوم القرآن الكريم، وتنظيم برامج المؤتمرات والملتقيات والندوات التي تشرف عليها الجائزة، وإقامة المعارض ذات الصلة بالأنشطة القرآنية أو المشاركة فيها، وأية أنشطة أخرى.
تقوم وحدة علوم القرآن باستقطاب العلماء والمتخصصين والباحثين في مجال علوم القرآن لطباعة ونشر أبحاثهم وكتبهم، وألاتتم دراسة الأعمال المشاركة في البرنامج من قبل هيئة استشارية متخصصة ومحكمة لتقرير مدى صلاحيتها للطباعة والنشر، ويقوم بإعداد قاعدة بيانات بأسماء الباحثين والمراكز والمؤسسات العاملة في مجال القرآن الكريم وعلومه، وتتم الاستعانة بمتطوعين من داخل الدولة في أيام الفعاليات كل بحسب اختصاصه.