أصدر سمو الشيخ عمار بن حميد النعيمي ولي عهد عجمان قرارا أميريا بشأن الهيكل التنظيمي للمجلس التنفيذي في عجمان يضم ثلاثة فصول و18 مادة وذلك حرصا على تفعيل دور الأمانة العامة للمجلس التنفيذي وتمكينها من تنفيذ المهام المكلفة بتأديتها بموجب المادة رقم 9 من المرسوم الأميري رقم 2 لسنة 2004 وتوفير الأداة التشريعية والوسائل التنظيمية للمجلس لتمكينه من تحقيق الاختصاصات المسندة إليه في المادة 4 من المرسوم الأميري رقم 2 لسنة 2004.
وشمل القرار رقم 5 لسنة 2009 في فصله الأول الإحكام التمهيدية والتعريفات والتفاسير ومرسوم المجلس وبرنامج عجمان للتميز فيما يتضمن الفصل الثاني الهيكل التنظيمي للمجلس والذي يشكل الهيكل التنظيمي للمجلس من ثلاث وحدات قيادية هي رئيس المجلس ونائب رئيس المجلس والأمين العام على التوالي ومن ست إدارات رئيسية تتبع لها أقسام وشعب فرعية وفقا للتدرج الهرمي للهيكل التنظيمي للمجلس.
وحدد القرار الأميري في مادته الرابعة مهام وواجبات رئيس المجلس والذي هو الرئيس الأعلى للمجلس ويمارس كافة السلطات والصلاحيات المخولة له بموجب مرسوم المجلس وتعديلاته أو التى تسند إليه من الحاكم من وقت لآخر وله حق إصدار التعليمات اللازمة والتوقيع على القرارات والتقارير والمراسلات واللوائح والأنظمة الصادرة من المجلس أو باسمه لضمان سير أعمال المجلس وتحقيق أهدافه ويجوز لرئيس المجلس تفويض بعض صلاحياته لنائبه أو لأحد أعضاء المجلس أو للأمين العام بحسب ما قد يراه ملائما.
كما حدد القرار في مادته الخامسة مهام وواجبات نائب رئيس المجلس بمعاونة رئيس المجلس في إدارة أعمال وأنشطة المجلس ورئاسة جلساته في حالة غياب رئيس المجلس واتخاذ القرارات الإدارية اللازمة لتنسيق العمل بين إدارات المجلس والقيام بتأدية أية أعمال أخرى يكلفه بها رئيس المجلس من وقت لآخر ويكون مسؤولا عن أعماله وقراراته أمام رئيس المجلس.
وحددت المادة السادسة للقرار مهام وواجبات الأمين العام والذي يكون بحكم وظيفته مقررا للمجلس والموظف التنفيذي الأعلى المسؤول أمام رئيس المجلس عن إدارة شؤون الأمانة العامة وعن تنفيذ قرارات وسياسات وخطط المجلس ويختص الأمين العام وعلى وجه الخصوص بالصلاحيات والسلطات المذكورة في المادة (9) من مرسوم المجلس والمرسوم الأميري رقم (5) لسنة 2005 في شأن تعيين الأمين العام للمجلس وتعديلاته كما يلحق بمكتب الأمين العام مكتبان متخصصان يسمى أحدهما «مكتب الشؤون القانونية» ويسمى الآخر «المكتب الإعلامي».
وتطرقت المادة السابعة من القرار إلى مكتب الشؤون القانونية ويتبع مباشرة للأمين العام ويكلف بتقديم الاستشارات والدراسات القانونية ذات الصلة بأعمال وأنشطة المجلس والمواضيع المطروحة أمامه والرد على كافة الاستفسارات القانونية الواردة من المجلس بما في ذلك لجانه المختلفة ومن الأمين العام واقتراح مشروعات التشريعات القانونية المحلية من مراسيم ولوائح وقرارات وأوامر محلية والمشاركة في دراستها وإعدادها أو مراجعتها قبل إصدارها من الجهات المعنية بإصدارها وكتابة المذكرات بشأن مراعاة تلك التشريعات لأحكام الدستور والقوانين الاتحادية والتشريعات المحلية الأخرى السارية في الإمارة.
وفي الدولة وجمع التشريعات المحلية المتنوعة الصادرة في الإمارة والإشراف على نشرها في الجريدة الرسمية للامارة بالتعاون مع المستشار القانوني بالديوان الأميري وإعداد مسودات العقود والاتفاقيات التي يكون المجلس طرفا فيها والمشاركة في المفاوضات بشأنها إلى حين إبرامها من قبل المجلس ومتابعة تنفيذها بعد إبرامها وتقديم الإستشارات والمذكرات القانونية اللازمة بخصوص اتخاذ ما ينبغي من قرارات وتدابير لتنفيذ القوانين والمراسيم الاتحادية واللوائح والقرارات والأوامر المحلية وإجراء التحقيقات اللازمة وإبداء الرأي القانوني والتوصيات بشأن أية شكاوى أو تظلمات أو مقترحات ترد إلى الأمانة العامة وإبداء الرأي القانوني في الأفكار أو المبادرات الجديدة المرتبطة بالمواضيع الاقتصادية أو الاجتماعية أو السياسية التي تعرض على المجلس وتحضير الدعاوى القضائية التي يكون المجلس طرفا فيها.