اتهمت مصادر من لجنة 11 سبتمبر 2001 وزارة الدفاع الأميركية (البنتاغون) بتضليل الرأي العام إزاء رد فعلها على الهجمات التي استهدفت الولايات المتحدة. وبالرغم من حل اللجنة منذ عامين إلا ان أعضاءها لا يزالون يثيرون الجدل ،وخاصة رئيسها توماس كين الجمهوري من نيوجيرسي . وقال كين«حتى هذا اليوم نحن لا نعرف ما أبلغتنا به القيادة الجوية لأميركا الشمالية».
وحتى العام 2003 كان مسؤولون في القيادة الجوية لأميركا الشمالية وإدارة الطيران الاتحادي يؤكدون ان الدفاعات الجوية ردت بسرعة ،حيث ان الطائرات تدافعت ردا على عمليتي الخطف الأخيرتين وان المقاتلات كانت مستعدة لإسقاط طائرة يونايتد ايرلاينز الرحلة 93 التي هددت واشنطن.
وقال ضابطان للجنة ان القيادة الجوية لأميركا الشمالية بدأت تعقب رحلة يونايتد 93الساعة 9صباحا،لكن اللجنة حددت ان الطائرة لم تخطف إلا بعد 21 دقيقة من هذا التوقيت،وان الجيش لم يعلم بالرحلة إلا بعد تحطمها في بنسلفانيا. وقال ناطق باسم وزارة الدفاع لصحيفة واشنطن بوست ان مكتب المفتش العام سيصدر قريبا تقريرا يركز فيه على ما إذا كانت الشهادة المقدمة للجنة «مزورة عن دراية».