تتضمن الخطة الوطنية دور القوات المسلحة في حالة إعلان الطوارئ وهي مرحلة عدم التمكن من السيطرة على المرض واحتوائه في خلال 48 ساعة حيث تقوم السكرتارية بإبلاغ لجنة الطوارئ الوطنية للإعلان عن بدء مرحلة الطوارئ والاستجابة الشاملة برئاسة سمو نائب رئيس مجلس الوزراء رئيس اللجنة العليا.
ويتم الإعلان عن بدء العمليات والتدخل الشامل بقيادة القوات المسلحة بجميع إمكانياتها ويتم عزل المناطق طبقاً لطبيعة انتشار المرض ومدى تأثيره ومدى توافر الموارد البشرية للقيام بهذه العمليات. ووفقا للخطة تعمل جميع فرق الجهات المشاركة تحت قيادة القوات المسلحة وتعمل القوات المسلحة تحت قيادة نائب رئيس اللجنة الوطنية للطوارئ وتقوم القوات المسلحة بتفعيل العمليات الخاصة بها طبقاً لخطة العمليات المعتمدة والخاصة بها.
وتتضمن الخطة الاستعداد لمواجهة المواقف الطارئة الناتجة عن أعمال الشغب والمظاهرات أو أعمال التخريب والإرهاب أو الإضرابات العمالية المختلفة بالتنسيق والتعاون مع وزارة الداخلية والدعم والإسناد في أعمال النقل والإخلاء الجوي طبقاً للموقف إضافة إلى تفتيش السفن ووسائل النقل البحري والتأكد من عدم نقل الطيور أو منتجاتها والوقوف مع الجهات المعنية في منع دخول الطيور ومنتجاتها إلا من خلال الإجراءات والبوابات المعتمدة من الجهات المعنية.
وتقوم القوات المسلحة بتوفير وسائل الإعاشة من خيام وأرزاق أثناء عمليات العزل والتطويق للمناطق الموبوءة وتوفير (50) سريراً للمرضى والمصابين لتنفيذ عمليات العزل الصحي وتلقي العلاج الطبي في مستشفى العزل بمدينة زايد العسكرية ومستشفى زايد العسكري في أبوظبي وتنفيذ التحاليل البيولوجية للمرضى المصابين بأنفلونزا الطيور.
وتقوم القوات المسلحة بتحديد المنطقة الموبوءة بوضع علامات توضح امتداد المنطقة الموبوءة ومناطق الخطر الأخرى وتشكل هذه العلامات خط تطهير المركز. بعد الانتهاء من تخطيط المنطقة الموبوءة يقوم عناصر التطهير في القوات المسلحة بعزل المنطقة بحيث يمنع الدخول والخروج منها أو الدخول إليها إلا للفرق الاختصاصية بعمال التطهير أو الاستطلاع.
في الوقت نفسه تقوم قوة العزل والتطويق للقوات المسلحة بعزل وتطويق المنطقة على امتداد النطاق 2 للمنطقة الموبوءة من خلال تأسيس نقاط المراقبة والتفتيش الثابتة والمتحركة حول النطاق (2) للمنطقة الموبوءة مع مراعاة اعتبارات ومبادئ تأسيس الطوق الخارجي لمنطقة العمليات وبذلك يتم تشكيل المنطقة المحظورة، على أن يؤخذ في الاعتبار سرعة واتجاه حركة الرياح.
تعمل قوة العزل بالتوازي مع عناصر الاستطلاع البيولوجي خلال تحديد المناطق الساخنة. تقوم عناصر التطهير للقوات المسلحة بالتعاون مع الاختصاصيين (وزارة البيئة والمياه ـ وزارة الحصة ـ هيئة البيئة....الخ) أولاً بإجراء عمليات التطهير الشامل للأرض وأماكن تواجد الطيور في المنطقة الموبوءة.