أصدر صاحب السمو الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان رئيس الدولة القانون الاتحادى رقم(11)لسنة1999فى شأن انشاء وتنظيم جامعة زايد حيث نص القانون على ان تنشأ بدولة الامارات العربية المتحدة جامعة يطلق عليها (جامعة زايد) وتكون هيئة عامة علمية مستقلة ذات شخصية اعتبارية . وتهدف الجامعة الى الاسهام بفاعلية فى مسيرة التنمية والتطوير بالدولة وذلك عن طريق طرح برامج للتعليم العالى بما يحقق التميز الاكاديمى وتقديم برامج التعليم والتدريب وتسعى الى تحقيق النمو المتوازن فى شخصية الطلبة ومعارفهم وقدراتهم وبما يحقق فى الوقت ذاته اعداد الكفاءات البشرية المواطنة المدربة نظريا وتطبيقيا لتلبية خطط التنمية الشاملة فى الدولة بالاضافة الى عقد الندوات والمؤتمرات وتقديم الاستشارات والمعلومات والخدمات فى مجالات العلوم والتقنيات واعداد الدراسات اللازمة لخدمة البيئة وتنمية وتطوير المجتمع. كما تعمل جامعة زايد على الاهتمام بدراسة الحضارة العربية والاسلامية والعالمية ومتابعة العلوم والمعارف واجراء البحوث العلمية والتطبيقية ونشره وتوثيق الروابط بمراكز المعلومات العالمية ودعم التعاون مع الجامعات ومعاهد التعليم العربية والعالمية. ويتولى أدارة شئون الجامعة رئيس يكون بدرجة وزير ويعين بمرسوم اتحادى ومجلس للجامعة بشكل برئاسة رئيس الجامعة وعضوية مدير الجامعة وعدد لا يقل عن سبعة من مواطنى الدولة من ذوى الخبرة والرأى والكفاءة من القطاعات المختلفة فى الدولة يختارهم مجلس الوزراء بناء على اقتراح رئيس الجامعة لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد. ويختص مجلس الجامعة باعتماد السياسات العامة للتعليم والبحث العلمى وخدمة المجتمع فى الجامعة ومتابعة تنفيذها واقرار اللائحة التنفيذية لهذا القانون التى تشمل القواعد المالية والتنظيمية بما فى ذلك نظم التوظيف لجميع العاملين وأعضاء هيئة التدريس فى الجامعة ومشروع الميزانية السنوية للجامعة وحسابها الختامى وسياسات القبول ونظم الدراسة ومتطلبات التخرج وتحديد الرسوم الدراسية واقرار الحوافز والامتيازات التى تمنح للطلبة وانشاء فروع جديدة للجامعة أو تعديل القائم منها واقرار البرامج الدراسية التى تطرحها الجامعة ومنح الدرجات والشهادات العلمية وفقا للوائح المنظمة لذلك. ويعين مدير الجامعة بمرسوم اتحادى بناء على ترشيح رئيس الجامعة ويشترط فيمن يعين مديرا للجامعة أن يكون مواطنا من حملة الدكتوراه والمعروف بمنزلته العلمية وخبرته فى التعليم الجامعى. ويتولى مدير الجامعة ادارة شئونها والاشراف على تنفيذ قانونها ولوائحها ويمثل الجامعة أمام القضاء والهيئات الاخرى. وكان مجلس الوزراء قد اصدر قرارا بالموافقة على انشاء الجامعة وتولي سمو الشيخ نهيان بن مبارك وزير التعليم العالي والبحث العلمي رئاسة الجامعة.